puoi provare a giocare con gli altri mode di fopen ( http://www.php.net/manual/en/function.fopen.php ) in particolare con c, altrimenti fai

Codice PHP:
$old file_get_contents('file.php');

$add 'stringa_da_aggiungere_in_testa'.$old;

file_put_contents('file.php',$add);