puoi provare a giocare con gli altri mode di fopen ( http://www.php.net/manual/en/function.fopen.php ) in particolare con c, altrimenti fai
Codice PHP:
$old = file_get_contents('file.php');
$add = 'stringa_da_aggiungere_in_testa'.$old;
file_put_contents('file.php',$add);