Probabilmente non è utilizzato lo stesso php.ini quando lo usi dal web e quando lo usi da riga di comando.

Da riga di comando ed esegui

php --ini

per vedere da dove recupera il php.ini

Se hai bisogno di specificare un path in cui cercare il file php.ini usa l'opzione -c o copia il tuo php.ini nella directory in cui lo va a cercare

http://www.php.net/manual/en/feature...ne.options.php