Sei tu che dopo l'esame del primo campo esci in caso di errore senza esaminare il secondo...

metti il risultato in una variabile e trasmettila solo alla fine:
codice:
function controllaG() { 
	var f = document.forms.mioformG; 
	var rv = true;

	document.getElementById('nomex').innerHTML = ""; 
	document.getElementById('messaggiox').innerHTML = ""; 

	if(f.nome.value == "") {  
		document.getElementById('nomex').innerHTML = "Inserire il Nome"; 
		f.nome.focus(); 
		rv = false; 
	} 

	if(f.messaggio.value == "") {  
		document.getElementById('messaggiox').innerHTML = "Inserire il Messaggio"; 
		f.messaggio.focus(); 
		rv = false; 
	} 

	return rv; 
}
ps: abituati ad indentare il codice: lo capisci meglio tu ed anche noi...