Basta usare un semplice flag a livello di form...
codice:
Dim cmd3cliccato As Boolean ' magari dandogli un nome un po' più significativo

' ...

Private Sub cmd3_Click()
    cmd3cliccato=True
End Sub

Private Sub cmd1_Click()
    If cmd3cliccato Then
        Totale = Totale -1
    Else
        Totale = Totale +1
    End If
End Sub