Anche se non è il metodo giusto, io uso questo

codice:
$('#element').hide().fadeTo(200, 0).fadeTo(800, 1);
Questo comporta che l'elemento viene nascosto (se non lo è già da css naturalmente), poi viene fatto un fadeOut di 200 millisecondi, ma non essendo visibile... in pratica è un delay, ed infine visualizzato con un fadeIn.

Come dicevo non è probabilmente il metodo più corretto per fare un'operazione del genere, ma è decisamente comodo e funzionale
http://jsfiddle.net/tox82/PeQvU/