In qualche modo arrivi alla pagina force-download.php giusto? In cui sicuramente elabori una variabile GET con il nome del file e lo fai scaricare, potresti fare in modo di tracciare le volte che si scarica un file direttaemnte dentro il file force-download.php. Non so se sono stato chiaro. Oppure potresti salvare le volte che si preme su un link, che poi ti reindirizza alla pagina force-download.php.