per curiosità quanti GB hai occupato sull' hard disk ?
se con i file di repair funziona, puoi provare a rimettere tutto come era, quindi rimettere i file che non ti funzionano in system32\system a fare un ripristino di sistema da modalità provvisoria, scegliendo una data precendente a quella in cui ti si è presentato il problema.
Tra l' altro hai cambiato qualcosa ultimamente nel so, nuovi programmi, nuovo hardware ?