Consiglio: può essere che esista qualche modo, ma secondo me perdi più tempo a lottare contro l'IDE che non a lavorare direttamente su Linux o a usare IDE che supportano nativamente CygWin (in entrambi i casi puoi usare CodeBlocks o altri IDE multipiattaforma/multicompilatore).

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Ecco, appunto, volendo si riesce, ma perdi buona parte dei vantaggi di VS come IDE e/o ti ritrovi a lottare con problemi bizzarri; direi che il gioco non vale la candela.