Ad ogni link diverso salvi in db l'URL (se non esiste) e incrementi di uno una seconda colonna che identifica il totale di visite ricevute.
Per capire quante visite fa' un URL in questo modo ti basta una select sulla prima colonna e nella seconda troverai il valore.
Per cercare di escludere quantomeno alcuni falsi positivi salvi in un cookie per ogni utente l'URL visitato e prima di incrementare controlli che quell'URL non ci sia ancora, in questo modo aggiungi solo la prima visita di quell'utente e non eventuali visite successive allo stesso indirizzo...