Si, però il form dal quale prelevi il valore da javascript lo costruisci all'interno del foreach quindi i tag di chiusura errati potrebbero influire sul corretto funzionamento del javascript.
Se, invece il problema è esclusivamente javascript, allora potresti postare nell'apposita sezione del forum. Io non sono ferratissimo in materia.

P.S.
Prova a sistemare prima il codice PHP in modo che generi i tag di apertura e chiusura corretti e vedi se il problema si manifesta comunque.