Il mio era un discorso generale per l'approccio ad un nuovo linguaggio, non stavo dicendo che non sei in grado di programmare.

Ad ogni modo, quello che devi fare è molto più semplice di quanto pensi.

Nella tabella utenti nel DB ti servono 3 campi per ciò che ti serve:
- un campo di nome livello che conterrà un numero che indica che livello di accesso ho l'utente (admin, utente generico...)
- un campo di nome reg_code, qui ci metti un codice generato casulmente, per esempio md5(time())
- un campo di nome abilitato che conterrà 1 oppure 0, come default conterrà 0

nel momento in cui un utente si registra metti in "livello" il numero per l'utente generico, in "reg_code" il codice generico e in "abilitato" 0.

Nell'email ci metti un link fatto così
Codice PHP:
[url]www.sito.it/conferma.php?codice=il_codice_che_hai_generato[/url] 
Dovrai poi creare il file conferma.php
In questo file prendi il codice con $_GET['codice'] ed esegui una query fatta così
Codice PHP:
$query = "UPDATE utenti SET abilitato=1 WHERE reg_code=".$_GET['codice']; 
Se mysql_affected_rows() ti restituisce 1 vuol dire che l'abilitazione è andata a buon fine, se restituisce 0 invece no.

Ovviamente i nomi dei campi puoi cambiarli a piacere.

L'admin dovrai inserirlo a mano nel database.