Ciao diabolikk,
allora dopo varie peripezie in altro codice, sono finalmente riuscito a tornare al nostro articolo,
con la tua spiegazione sono facilmente riuscito a ricostruire il quello che volevo fare.
Grazie mille

posto il codice che magari può tornare utile, uso 2 query per semplificarmi la vita

<?php
$query1=mysql_query("SELECT * FROM category
ORDER BY category ASC;")
or die(mysql_error());
if(mysql_num_rows($query1) != 0)
{
//Zona dei checkbox
while ($rows1=mysql_fetch_array($query1))
{
extract($rows1);
$query2=mysql_query("SELECT * FROM brand_category
WHERE (id_cat='".$id_category."'
AND id_bra='".$id_brand."');")
or die(mysql_error());
if(mysql_num_rows($query2) != 0)
{
$checked="checked";
}
else
{
$checked=" ";
}
?>

<tr>
<td class="admin_checkbox_text">
<?php echo $category;?>
</td>
<td>
<input type="checkbox" name="<?php echo $id_category;?>" value="<?php echo $id_category;?>" <?php echo $checked;?>/>
</td>
</tr>
<?php