La scelta (a mio avviso immotivata e inutile) di usare gli iframe complica il tutto, l'uso (sempre a mio avviso inutile) di diverse librerie javascript (mootools e jquery) e di una marea di script non aiuta, se non vuoi procedere con con la navigazione classica cambio pagina potresti usare ajax per caricare le pagine ed eliminare iframe.


P.S. Consiglio, essendo un sito aziendale mi affiderei ad un professionista (non è auto-promozione visto che non sono un professionista)