Le popup sono nuove finestre a tutti gli effetti documenti separati pertanto dovrai nascondere/disabilitare nella popup stessa, eseguire tale procedura da pagina padre è complessa eseguibile (forse) all'atto della creazione della popup stessa, una valida alternativa potrebbe essere eseguirla lato server (php o asp) se puoi usare questi linguaggi valuta l'ipotesi.