RISOLTO
Mi è bastato cambiare le seguenti righe... Da come mi sembra di capire il problema è la stringa del path del jar.
codice:
String inputPluginClassName = inputPluginPackage+"."+pluginName+"InputPlugin";
File inputPluginJarFile = new File(inputPluginPath);
ClassLoader classLoader = URLClassLoader.newInstance(new URL[] { inputPluginJarFile.toURI().toURL() });
inputPlugin = (InputPlugin) classLoader.loadClass(inputPluginClassName).newInstance();
inputPlugin.initialize(parameters);