Sì infatti md5 ormai non è più considerato sicuro.
Se sono dati importanti io farei una crittazione direttamente con AES

http://it.wikipedia.org/wiki/Advance...ption_Standard
http://www.phpaes.com/

la tabella che hai linkato ti mostra semplicemente per ogni tipo di algoritmo di crittazione il tempo che impiega a crittare; la colonna "Microseconds to Setup Key and IV" è quella da tenete d'occhio per capire quanti millisecondi ci mette a preparare la chiave e inizializzare il vettore (poi il tempo di crittazione vero e proprio dipende ovviamente dalla lunghezza del testo)

ciao