In realtà availableProcessors ti ritorna proprio il numero di core, non il numero di cpu fisiche.
Il termine "Processor" qui credo che stia come unità che può fare calcoli altrimenti l'avrebbero chiamata availableCPUs.

Puoi tranquillamente scalare il numero di thread su quel numero.
Il commento in http://docs.oracle.com/javase/6/docs...g/Runtime.html è:
"Applications that are sensitive to the number of available processors should therefore occasionally poll this property and adjust their resource usage appropriately."