In pratica succede che lo slider, per suoi scopi, duplica l'ultimo elemento quindi fancybox lo mostra due volte.

Puoi ovviare così:
codice:
<script type="text/javascript">
	$(document).ready(function() {
              //inizializzi prima lo slider	
		$('#gallery').bxSlider({infiniteLoop:false,hideControlOnEnd:true,auto:true,autoHover:true});
              //poi rimuovi l'attributo "rel" all'elemento duplicato, tanto allo slider non serve il rel...
		$("a[rel=example_group]:last").attr('rel','');
              //inizializzi fancybox	
		$("a[rel=example_group]").fancybox({
			'padding' : '0',
			'cyclic' : 'true',
			'transitionIn'		: 'fade',
			'transitionOut'		: 'fade'
		});
		
		
	});
</script>
Occhio che includi jQuery due volte, ne basta una:
codice:
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.6.4.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" src="http://www.laboratoricreativi.net/NUOVO/js/fade.js"></script>



<script type="text/javascript" src="http://www.laboratoricreativi.net/NUOVO/fancybox/jquery.fancybox-1.3.4.pack.js"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.laboratoricreativi.net/NUOVO/fancybox/jquery.fancybox-1.3.4.css" media="screen" />



<link href="http://www.laboratoricreativi.net/NUOVO/css/bx_styles.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<script src="http://www.laboratoricreativi.net/NUOVO/js/jquery.bxSlider.min.js" type="text/javascript"></script>
Ciao