Ciao, il bello di CI è che lo puoi modellare come vuoi, io spesso cambio struttura delle folders rispetto al tipo di sito che vado ad implementare, a volte uso hmvc a volte no, dipende sempre dal tipo di sito che devi realizzare.

Comunque, non conosco asp.NET, ma non credo avrai problemi a modellare CI se già lavori su un MVC.

buon proseguimento !!