Se lo fai contemporaneamente all'invio del form alla pagina che lo processa non potrai mai essere sicuro che i dati inviati siano "digeriti" prima che l'altra pagina sia caricata...

La soluzione migliore rimane che la popup riceva una pagina con l'esito dell'aggiornamento e da questa venga poi aggiornata la finestra "madre".
codice:
<script>opener.location.reload(true);self.close()</script>