Trovare i link presenti in una pagina

[codencode]

Iniziamo ad analizzare il tuo script:
perchè le seguenti istruzioni?

$parts = explode("\r\n", $line_of_text); 
$url = array($parts[0]); 
foreach($url as $sito){ 

cioè perchè esegui lo spit con il carattere di fine riga? se non specifichi il secondo parametro della funzione fgets(), tale funzione ti restituiesce tutta la riga. Quindi

$parts = explode("\r\n", $line_of_text); 

è inutile

Perchè

$url = array($parts[0]); 

e poi vai ad iterare l'array?
cioè ti crei un array di un elemento e poi lo iteri?

Poi al posto di fare

while (!feof($file_handle) ) { 

$line_of_text = fgets($file_handle); 

io farei

while($line_of_text = fgets($file_handle)){