Non ci sono modi "nativi" per visualizzare popup o messagebox da un processo batch, ti dovresti appoggiare ad un programma esterno; esiste un porting di zenity (che viene usato su Linux per fini analoghi) per Windows, ma mi pare un po' un'esagerazione.
Un'alternativa potrebbe essere scrivere uno script VBScript da richiamare per mostrare i messaggi, ma a quel punto quasi vale la pena di fare tutto da VBScript.
Esattamente che genere di lavori fa questo script batch?