se gia' implementi una barriera fisica non puoi che procedere capillarmente per i singoli elementi che vuoi disabilitare (link, bottoni, altro?)

intanto se ci sono funzioni richiamate all' interazione con questi elementi ti sara' facile controllare prima di procedere nella funzione se un booleano gloabale e' settato a true
cambi il valore di questo booleano all' apertura/chiusura della popup

per tutto il resto procedi di selettori jquery, per esempio
su link che non richiamano funzioni puoi salvare nel data del link il suo href
e rileggere il data e risettarlo come href alla chiusura dell' overlay
per gli altri link rimuovere e riabilitare gli eventi con unbind/bind

insomma, e' tedioso ma si puo' fare

ciao