Salve.
Quindi hai un sistema 'dual boot...?!', insomma devi scegliere con quale dei due Sistemi partire...?! Se si, prima magari dai un'occhiata a
questo link
Se fai partire il PC con l'SSD, dovresti vedere l'HD come disco secondario e dovresti essere in grado di eliminare quello che NON ti interessa, alla stregua di collegare l'HD in altro PC o come smontarlo e collegarlo ad una interfaccia SATA/EIDE --> USB..., poi magari fai un bel CHECHDISK e a seguire un DEFRAG.
Chiaramente, il consiglio di GAS è quello che ti lascerebbe una situazione più 'pulita'...