Grazie per la risposta ho visto un po come funziona e andrebbe bene, però ho visto nell'esempio stop the timer che vorrei utilizare io
Codice PHP:
<!DOCTYPE html>
<html>
<body>



Click the first button to display the current time, and the second button to stop the time.</p>
<button onclick="myFunction()">Try it</button>
<button onclick="myStopFunction()">Stop time</button>

<script>
var myVar;

function myFunction()
{
myVar=setInterval(function(){myTimer()},1000);
}

function myTimer()
{
var d=new Date();
var t=d.toLocaleTimeString();
document.getElementById("demo").innerHTML=t;
}

function myStopFunction()
{
clearInterval(myVar);
}
</script>

<p id="demo"></p>

</body>
</html> 
quando faccio ripartire il timer me lo trovo con l'ora aggiornata, io invece vorrei fermare il timer e alla ripartenza che riparta da dove l'avevo fermato senza che si aggiorni all'ora attuale.
So che le funzioni time prendono come riferimento il time stamp quindi quando faccio ripartire il timer stoppato lui prende in considerazione il time stamp quindi sempre il tempo che è passato e quindi si aggiorna al time corrente a me servirebbe per mettere in pausa questo countdown
Codice PHP:
/*
Author: Robert Hashemian
[url]http://www.hashemian.com/[/url]

You can use this code in any manner so long as the author's
name, Web address and this disclaimer is kept intact.
********************************************************
Usage Sample:

<script language="JavaScript">
TargetDate = "12/31/2020 5:00 AM";
BackColor = "palegreen";
ForeColor = "navy";
CountActive = true;
CountStepper = -1;
LeadingZero = true;
DisplayFormat = "%%D%% Days, %%H%% Hours, %%M%% Minutes, %%S%% Seconds.";
FinishMessage = "It is finally here!";
</script>
<script language="JavaScript" src="http://scripts.hashemian.com/js/countdown.js"></script>
*/

function calcage(secs, num1, num2) {
  s = ((Math.floor(secs/num1))%num2).toString();
  if (LeadingZero && s.length < 2)
    s = "0" + s;
  return "[b]" + s + "[/b]";
}

function CountBack(secs) {
  if (secs < 0) {
    document.getElementById("cntdwn").innerHTML = FinishMessage;
    return;
  }
  DisplayStr = DisplayFormat.replace(/%%D%%/g, calcage(secs,86400,100000));
  DisplayStr = DisplayStr.replace(/%%H%%/g, calcage(secs,3600,24));
  DisplayStr = DisplayStr.replace(/%%M%%/g, calcage(secs,60,60));
  DisplayStr = DisplayStr.replace(/%%S%%/g, calcage(secs,1,60));

  document.getElementById("cntdwn").innerHTML = DisplayStr;
  if (CountActive)
    setTimeout("CountBack(" + (secs+CountStepper) + ")", SetTimeOutPeriod);
}

function putspan(backcolor, forecolor) {
 document.write("<span id='cntdwn' style='background-color:" + backcolor + 
                "; color:" + forecolor + "'></span>");
}

if (typeof(BackColor)=="undefined")
  BackColor = "white";
if (typeof(ForeColor)=="undefined")
  ForeColor= "black";
if (typeof(TargetDate)=="undefined")
  TargetDate = "12/31/2020 5:00 AM";
if (typeof(DisplayFormat)=="undefined")
  DisplayFormat = "%%D%% Days, %%H%% Hours, %%M%% Minutes, %%S%% Seconds.";
if (typeof(CountActive)=="undefined")
  CountActive = true;
if (typeof(FinishMessage)=="undefined")
  FinishMessage = "";
if (typeof(CountStepper)!="number")
  CountStepper = -1;
if (typeof(LeadingZero)=="undefined")
  LeadingZero = true;


CountStepper = Math.ceil(CountStepper);
if (CountStepper == 0)
  CountActive = false;
var SetTimeOutPeriod = (Math.abs(CountStepper)-1)*1000 + 990;
putspan(BackColor, ForeColor);
var dthen = new Date(TargetDate);
var dnow = new Date();
if(CountStepper>0)
  ddiff = new Date(dnow-dthen);
else
  ddiff = new Date(dthen-dnow);
gsecs = Math.floor(ddiff.valueOf()/1000);
CountBack(gsecs);