forse va costruito in modo diverso
puoi anche mantenere questa costruzione e segnare le occorrenze in un array del tipo di cui sotto, in cui la corrispndenza del numero la frequenza è dato dall'indice

$frequenze = array(
"12 gennaio 2012" => array(0,0,0,0,0,0),
"20 gennaio 2012" => array(0,0,0,0,0,0),
}

oppure (meglio)

convertire il tuo array $numeri, utilizzando le numerose funzioni sugli array di php (combine, compose, ...), in un array associativo
$numeri_frequenze = array(
"12 gennaio 2012" => array("5" => $freq,"44" => $freq,"43" => $freq,"55" => $freq,"22" => $freq,"44" => $freq),
"20 gennaio 2012" => array("15" => $freq,"4" => $freq,"77" => $freq,"22" => $freq,"24" => $freq,"90" => $freq)
}