Non ha senso decidere di imparare Java EE, che è fondalmentalmente una raccolta di librerie, senza conoscere le basi di Java.
Ed è impossibile dirti a priori quale linguaggio sia meglio apprendere in quanto, anche se adesso le richieste si oriantano verso il linguaggio tale, non è detto che per quando tu sarai diventato produttivo nel linguaggio tale ci siano ancora richieste per quest'ultimo.
Si possono si fare previsioni ma sono più o meno tutte campate in aria. Basta una scelta di mercato di una qualche grande industria quale Microsoft, Apple, ... e tutti i tuoi investimenti "potrebbero rivelarsi vani" (totalmente falso, l'apprendere un linguaggio aiuta sempre, per lo meno ad estendere il tuo modo di ragionare).
Esempi ne possono essere Smalltalk, "morto" principalmente per scelte di mercato, java, diventato famoso dopo l'enorme pubblicizzazione di Sun, o Objective-C, utilizzato praticamente solo in congiunzione con prodotti Apple. Questi sono solo alcuni esempi, ma ce ne sono molti altri.
In sintesi, questa discussione è pressochè inutile in quanto non si può sapere quale sia il linguaggio sul quale sia meglio investire, e men che meno si può definire il linguaggio migliore.
