Dopo tantissimi tentativi ho scoperto cosa blocca il caricamento del file php.ini:

l'istruzione short_open_tag = Off

basta eliminarla e apache carica php.ini con le modifiche apportate.

Cosa fà questa istruzione e perchè blocca il tutto non lo so, ma mi piacerebbe saperlo (anche per eventuali problemi analoghi). Magari qualcuno che ne sa ci potrebbe aiutare.

Ciao