Ipotizzo che vi sia un .htaccess collocato nella webroot dell'applicativo che ti scombina la cosa.

codice:
RewriteEngine on
# qui devi indicare le cartelle o i file per le quali non vale il principio dell'url rewriting sulla index
RewriteCond $1 !^(index\.php|css|js|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Altrimenti è come se stesse cercando il controller css o js.

Fonte: http://codeigniter.com/user_guide/general/urls.html