Se può interessarti questo è l'htaccess che uso per un progetto che sto sviluppando adesso con CI
codice:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
Tutti i file statici: css, js ed immagini li ho messi in una cartella che ho chiamato "static" nella root, la struttura è
codice:
ROOT
|
|---APPLICATION
|  |-le varie sottocartelle di application
|
|---STATIC
|  |-css
|  |-immagini
|  |-js
|
|---SYSTEM
   |-le varie sottocartelle di system
i file css ed i file js li chiamo come ti ho scritto prima e funziona tutto correttamente.