Quindi tu ad ogni messaggio vorresti modificare un file html così come faresti a mano aggiungendo il codice?

Usa un db, è molto più semplice e non ti ritroverai con un file che cresce di 3 righe ad ogni messaggio.
Se poi devi cancellare un messaggio che fai? Scarichi il file, lo apri, vai a cercare il div giusto, lo cancelli, salvi il file e lo ricarichi sul server?