Manipolare file di Excel da C++ è un suicidio (prima ancora che le interfacce di Excel, dovresti imparare ad usare COM da C++ - e non è piacevole); potresti considerare l'uso di un linguaggio .NET o comunque un linguaggio che si integra bene con componenti COM per usare i binding COM di Excel, tramite i quali puoi manipolare i file. Ma forse l'alternativa più semplice è scrivere il tutto come macro di Excel (VBA).