Per capire il motivo ti consiglio di stamparti a video le varie query SQL per capire meglio dove sta l'errore. Riprendo il tuo codice iniziale:

Codice PHP:
<?php
//connessione database

$ccc '4324,5555,6666';
$stringa explode(","$ccc);

foreach (
$stringa as $key){
$sql="INSERT INTO banche SET conto ='$key'";
mysql_query($sql);
echo 
$sql.'
'
;        
}
?>
In questo modo vedi esattamente cosa sta facendo lo script,.