Per capire il motivo ti consiglio di stamparti a video le varie query SQL per capire meglio dove sta l'errore. Riprendo il tuo codice iniziale:
In questo modo vedi esattamente cosa sta facendo lo script,.Codice PHP:<?php
//connessione database
$ccc = '4324,5555,6666';
$stringa = explode(",", $ccc);
foreach ($stringa as $key){
$sql="INSERT INTO banche SET conto ='$key'";
mysql_query($sql);
echo $sql.'
';
}
?>

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