Se vuoi eliminare il sistema da un hd secondario, puoi cancellare direttamente le cartelle di sistema ma, per semplificare le operazioni, copia tutti i file che vuoi "mantenere", nella root del disco.
La struttura di Windows prevede file "sparsi" in vari punti del disco, quindi ti trovi nella cartella "Document and Setting" i tuoi documenti e le impostazioni dei programmi (inutili da portarsi dietro nel nuovo sistema)
Quindi se per esempio il disco è il "D:", crea una cartella "D:\Backup" e spostaci tutti i file che vuoi mantenere.
Successivamente rimuovi tutto il contenuto del disco ad esclusione della cartella Backup.
Altra considerazione, se utilizzavi il dual boot (selezione di uno dei due sistemi all'avvia della macchina) devi cambiare l'mbr del disco che deve contenere il sistema superstite in modo da avere l'avvio diretto.
Inoltre è meglio se esegui le operazioni da un "terzo sistema" come un livecd di linux, per evitare la negazione di permessi durante la cancellazione dei dati.