Problema risolto, venivano caricati due css simili, e probabilmente andava in confusione.
Una conferma, è giusto se per caricare il css per ie9 uso questa sintassi?
Codice PHP:
<!--[if IE 9]> 
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/IE9.css" /> 
<![endif]--> 
Purtroppo se il link al css non lo inserisco fuori da questa condizione non mi viene caricato.