funzione su lettura file txt

[Longo8]

 if ($campiriga[1] == "0")  {
            echo "E' già zero";
        } 

A cosa ti serve questa parte di codice?
Nel while entra solo quando non vale 0, quindi in quella condizione non entra mai.
Per far uscire "E' già zero" dovresti fare in questo modo:

//...
if ($campiriga[1] == "0")  {
            echo "E' già zero";
      }else{
            while ($campiriga[1] <> "0")  {
                echo "Sottraggo 1 al $campiriga[0] campo";
                $campiriga[1] = ($campiriga[1] - 1);
                $rigafile2 = $campiriga[0] . "|" . $campiriga[1] . "\n\r";
                fwrite($textfile2, $rigafile2)
            }
      }
//... 

Per quanto riguarda il rename e la possibilita' di usare un solo file, credo si possa fare utilizzando una fopen() di questo tipo:

$textfile = fopen("ciclo.txt", "r+") 

Per maggiori informazioni sulla fopen() guarda il manuale