Grazie 1000...
Sono riuscito a scrivere la funzione...
fa tutto quello che deve fare ma alla fine entra in loop e non riesco a capire perchè...

Codice PHP:
$cambiamento = "si";
$livello = 1;
while ($cambiamento == "si")  {
    $textfile = fopen("ciclo.txt", r);
    $textfile2 = fopen("ciclonew.txt", w);
    while ($rigafile = fgets($textfile,1024))   {
        $campiriga = explode("|", $rigafile);
        if ($campiriga[1] < $livello)   {
            $campiriga[1] = chiamafunzione();
            $livello = $campiriga[1];
            $cambiamento = "si";
        }else{
            $cambiamento = "no";
        }
        $rigafile2 = $campiriga[0] . "|" . $campiriga[1] . "/n/r";
        fwrite($textfile2, $rigafile2);
    }
} 
La variabile cambiamento mi serve per vedere se ci sono stati aggiornamenti di valore; in tal caso ricomincio a ciclare il file, altrimenti no....
la variabile livello settata ad 1 mi serve per far si che la funzione parta dalla terza riga del file alla prima iterazione (infatti al 3° rigo la condizione campiriga[1] < livello sarà verificata.
Il risultato è che il file si aggiorna nella forma ad esempio

1|4
2|4
3|4
4|4
5|4

Ma non esce più dal ciclo andando in loop :-s