Magari non ho capito bene la situazione o sottovaluto il problema ma non vedo la difficoltà..
Supponiamo che tu prenda riga per riga il contenuto del file mediante BufferedReader , ti basta una semplice variabile intera che funga da "count" , del tipo (è un semplice esempio):

codice:
BufferedReader br = new BufferedReader (new InputStreamReader (new FileInputStream ("MODIFICHE ZM.txt")));
int count = 0;
String s;
try {
      while ((s = br.readLine ()) != null) {
        	tuoMetodoMandaMessaggio ();
                count++;
      }
}catch (EventualeEccezioneDaMandaMessaggio eedmm) {
      System.out.println ("Mi sono fermato alla riga " + count + " per la seguente causa: " + eedmm.getMessage () );
}

Spero di aver reso l'idea..