ho fatto come dici ed ho levato la chiusura popup da <script>.. solo che i messaggi "acquisto avvenuto" e "Non" vengono visualizzati per un istante proprio..

codice:
<script>

function conferma(){
var conf = confirm("Procedere con l'acquista del prodotto selezionato?")
if(conf){
document.getElementById("messaggio_conferma").innerHTML='acquisto avvenuto';
}else{
document.getElementById("messaggio_conferma").innerHTML='acquisto no';
}
}
</script>