Non ci sarebbe la possibilità di usare un database? Lo renderebbe abbastanza più facile

La tua applicazione è un tipo di daemon che rimanga in memoria o termina sempre quando ha finito (oppure quando c'è un'eccezione) e viene sempre chiamato tramite cron? Nel primo caso potresti tenere il counter (o una tabella con un tipo di ID di tutte le righe processate) in memoria e poi la volta successiva si comincia da lì.

Se però l'applicazione termina dovresti salvare questo ID in qualche modo. Il modo più facile sarebbe scriverlo in un tipo di log o stats file.