dunque, questi application block funzionano di default con una struttura standard di tabelle, che è possibile generare in SQL Server tramite un comando apposito.

Se hai questa struttura, le membership ecc ecc funzionano senza dover fare nulla.
Quindi dovresti cercare su internet (e dovrebbe esserci) il porting di queste tabelle su mySql. A questo punto devi solo cambiare nel Web.Config il provider e sei a posto.

Se invece hai tabelle tue, organizzate diversamente, devi farti anche un tuo Provider.
Solo in questo modo puoi usare classi e metodi standard di Membership, role ecc ecc.

ciao