Io non ho capito che cos'ha quel path che non ti piace.
A me pare perfettamente plausibile.
Tieni presente che il percorso che ottieni tu è in forma di URL (il metodo getLocation() di CodeSource restituisce un oggetto URL; il metodo getPath() di URL ritorna una stringa che rappresenta il percorso di quell'URL).

Detto questo, non puoi di certo usare File.separator per cercare un separatore di file all'interno di un URL (funzionerebbe solo sui sistemi Unix-Like). Usa semplicemente lo slash.


Ciao.