Il codice fornito rispondeva pienamente alla richiesta che hai fatto

La prima pagina richiamata nella popup ovviamente e' stata aperta dalla principale, le altre no... sono state aperte dalla popup stessa!

Inventati un nome astruso da dare alla popup e aprila assegnando quel nome (per esempio: "hjg675fgdg4")

A quel punto da ciascuna pagina potrai fare un'altro tipo di verifica:

if(self.name!="hjg675fgdg4") alert("Stai barando!");