Suppongo che devi crearti un processo batch (in dos) che inseririsci in un processo automatico di windows, cioè in uno di quei monitor di sistema che si avviano all'avvio del PC.
All'interno del file batch, inserisci lo script PHP da mandare in esecuzione.
Detto questo, la compilazione del file batch non è assolutamente un argomento di PHP, per cui credo che devi chiedere altrove.