non è necessario avviare apache e/o mysql, basta avere SOLO php così da eseguire il codice php direttamente (anche perché, altrimenti, su windows, dovresti far partire il browser -.-)

un'ipotetico file batch può essere qualcosa tipo:
c:\percorso\alla\cartella\di\php\php.exe c:\percorso\allo\script\php\da\lanciare\script.php

fine ^^

Se lo vuoi lanciare come VERO e PROPRIO servizio di sistema esistono dei meccanismi di supporto (SRVANY per fare un esempio) ma dovresti postare nella sezione Windows