E' ovvio l'istruzione del println ti viene processata in quanto istruzione successiva...

puoi fare così
1) ti dichiari una varibile booleana (per esempio chiamiamola "check")
2) te la inizializzi dopo il for e la poni a true


codice:
for(int i=giorno; i>=1; i--) {
	k=2;
	check=true;
	do {
		resto= i%k;
		if (resto !=0) k++;
		else {
			check=false;
			break;
                }
	
	}while  (k<(i-1));
	
        if (check)
	    System.out.println(i);  
}
Ma questo è solo un accrocchio per far funzionare il programma, sono sicuro che ci sono 100 modi per scrivere il programma in modo più pulito, ma visto che sei alle prime armi va bene così, col tempo e con le guide riuscirai a far bene.

Cmq attenzione: il numero 2 è primo