Allora secondo me il professore vuole che tu crei un un ulteriore file .cpp che non fa altro che richiamare tutti i metodi delle altre classi "c++", è un pattern comune si chiama Delegation.
Dalla parte java dovrai creare un classe (interfaccia) jni che appunto vada a richiamare i metodi da te creati nel file .cpp.
Faccio un esempio:
codice:
file1.cpp -> Classe pippo -> metodo A...Metodo B
file2.cpp -> Classe pluto -> metodo C...Metodo D
file3.cpp -> Classe paperino -> metodo E...Metodo F

mioFile.cpp -> Classe MioFile :
Metodi:
metodoA()
{
  pippo.metodoA();
}
....
metodoF()
{
 paperino.metodoF();
}