Le API sono del codice. L'API di java è il codice messo a disposizione dai programmatori/creatori di Java. L'API Java Mail, come dice il nome, è per gestire le mail.
Tutto ciò che viene messo a disposizione del programmatore, come un insieme di funzioni, è un AP (o fa parte di un API). Se devi intercettare delle chiamate di Sistema su Windows utilizzerai le Win API, e in modo più specifico una determinata funzione (o più) che ti portano al raggiungimento del tuo scopo.