Eccoti qua il risultato, il problema e che tu ordinavi l'array contemporaneamente mentre lo creavi, questo comportava parecchi problemi, invece devi prima creare l'array completo poi ordinarlo come faccio io, i valori basta che li limiti per quelli esatti con dei controlli come faccio io, questo è il codice (se poi consideri che valori uguali vanno tolti allora basta aggiungere vari controlli, tipo i valori uguali li trasformi in null e nel for salti cio' che è uguale a null anche):
codice:
public class DueArrayInUnUnico {
	public static void main (String[] args){
		int a[] = new int [6];
		int b[] = new int [4];
		int c[] = new int [10];
		int i,k,f,t,j;
		
		//creo i valori negli array come fai tu.
		for (i = 0; i<6; i++) {
			a[i] = (int) (Math.random()*100);
		}
		for (j = 0; j<4; j++) {
			b[j] = (int) (Math.random()*100);
		}
		
		
		/*ora considerando gli array esterni, dico esterni perché nel passaggio dei valori in un'altro array potevo farlo
		contemporaneamente quando li creavo, ovviamente non ordinato ancora*/
		for (k=0; k<10; k++) {
			//ecco la risoluzione, controllo che i valori siano giusti e ordino l'array da un for esterno.
			if (k<6)
				c[k] = a[k]; 
			else
				c[k] = b[k-6];
		}
		
		//for finale, ordinamento;
		int valcurrent, vs;
		for (f = 0; f<10; f++) {
			valcurrent = c[f]; //considero il primo valore
			for (t = f+1; t<10; t++) { //lo confronto con il resto dei valori
				if (c[t]<valcurrent) { //controllo se il valore successivo è minore di quello considerato
					vs = c[t]; //se si scambio i valori
					c[t] = valcurrent;
					valcurrent = vs;
				} if (c[t]==valcurrent) continue; //se i valori sono uguali passo al valore successivo
			}
		}
		for (f = 0; f<10; f++) {
			System.out.println(c[f]); //stampo tutto a schermo.
		}
	}
}