Ho sbagliato, non uso questo script ne uso un altro che usa comunque imagejpeg.
Ho controllato ed in effetti di default (se non specificato) imposta la qualità a 75 (da 0 a 100).
Ho specificato il parametro a 100 ed ora la qualità è identica a quella dell'immagine originale.

P.S. - Lo so che la differenza era poca, ma sono pignolo

Grazie per l'aiuto !